Dentro del StainMaster, existen varios algoritmos que funcionan a partir de en imágenes en cualquiera de los dos formatos más conocidos: JPG o BMP.
Comenzando por insertar la imagen en el programa mediante algún dispositivo de digitalización, por ejemplo un escáner, y luego determinar las superficies que serán exploradas. Estas pueden ser automáticamente marcadas o definidas por el usuario.

Una vez determinadas las superficies, existen dos algoritmos, uno que determina el contraste, entre lo que podemos llamar el fondo y las gotas, y otro que mediante un rastrillado de izquierda a derecha y de arriba hacia abajo, explora la imagen buscando cualquier mancha que pueda ser determinada como una gota. Este explorador no solo reconoce gotas simples, sino que también identifica las manchas que son formadas por más de una gota, calculando en base a sus características, el número de gotas y el tamaño que la conforman.

Como siguiente paso, una vez calculadas las coberturas de todas las tarjetas ingresadas al ensayo, se pueden obtener gráficos de cobertura, representaciones de vuelos simulados, histogramas sobre el rendimiento variando los anchos de pasadas, etc.